První písemná zmínka o existenci původního románského kostela Panny Marie je z roku 1210. V 1. polovině 14. století nechala česká královna Eliška Rejčka zbudovat nový gotický chrám a roku 1323 u něj založila také klášter cisterciaček. Od konce 18. století dodnes zde působí řehole augustiniánů, do tohoto období jsou datovány i barokní úpravy interiéru. Středem hlavního Stříbrného oltáře je cenné Palladium města Brna - obraz Panny Marie Svatotomské. Roku 1987 byl chrám papežem Janem Pavlem II. povýšen na baziliku minor.