Kolem roku 1250 přijímá přední moravský velmož Přibyslav z Křižanova rozhodnutí založit na svém panství rodový cisterciácký klášter. Před smrtí pověřuje realizací tohoto záměru svého zetě Bočka ze Zbraslavi. V roce 1252 dochází k založení opatství Žďár. V tomto roce přicházejí z Pomuku první řeholníci. Po smrti Bočka ze Zbraslavi v roce 1255 se stává hlavním vykonavatelem závěti jeho švagr Smil z Lichtenburka, přední šlechtic českého království, který pokračuje v Bočkově díle.

V roce 1253, 25. května v den svátku nalezení sv. Kříže, byly slavnostně posvěceny základy zděného konventního kostela, založeného ke cti Nanebevzaté Panny Marie a spolupatrona sv. Mikuláše. Kostel se od svého založení stal pohřebištěm rodin zakladatelů (např. pánů z Obřan, královského rodu pánů z Kunštátu a rodu pánů z Lichtenburka).

V roce 1422 je klášter napaden a rozvrácen husitským vojskem. V dalších letech chátrá. K obnově kláštera dochází v letech 1437 až 1439 přičiněním významného příslušníka zakladatelského rodu, tehdejšího zemského správce Jiřího z Kunštátu a z Poděbrad, pozdějšího českého krále.

Další velkou zkouškou prochází klášter na počátku 17. století. Vyhrocují se konflikty mezi opatem a olomouckým biskupem knížetem Františkem kardinálem Dietrichštejnem. V roce 1614 tato krize vrcholí zánikem kláštera, který se stává osobním majetkem kardinála Dietrichštejna. Ne na dlouho. Jeho dědic synovec Maxmilián prodává v roce 1638 klášter zpět cisterciákům.

Veduta Klaster

V letech 1705 až 1738 stála v čele kláštera jedna z jeho nejvýznamnějších osobností, opat Václav IV. Vejmluva, za něhož byla provedena světově proslulým architektem Janem Blažejem Santinim - Aichlem velkorysá barokizace kostela a kláštera. Toto období je považováno za dobu největšího architektonického a uměleckého rozkvětu kláštera. Ten však v roce 1737 postihl zhoubný požár, který téměř zcela strávil mnohaleté úsilí svých budovatelů. Opat Vejmluva podlehl bolesti ze zničeného díla následujícího roku.

Vejmluvovi následovníci na opatském stolci znovu budují ztracenou nádheru. V okamžiku, kdy je cíl nadosah přichází pro klášter rána z nejtěžších. V roce 1784 úmyslně založený požár znovu poničil celý klášter i s kostelem. Na žádost posledního opata Steinbacha byl klášter zrušen. Konventní kostel byl po požáru opraven a v roce 1786 prohlášen za kostel farní.

Areál se stal poté majetkem rodiny Clam-Gallasovy a Eleonory Kinské. Rodině Kinských bylo žďárské panství navráceno v majetkových restitucích po roce 1989.

V roce 1952 byl farní kostel Nanebevzetí Panny Marie a sv. Mikuláše komunisty vyvlastněn. K navrácení kostela došlo v roce 2004. Od roku 2005 probíhaly v interiéru kostela práce na architektonické a umělecké obnově interiéru, s cílem vrátit mu podobu z doby vrcholně barokního rozkvětu. Vnitřní architektonická obnova byla úspěšně dokončena v roce 2008.

Začátek roku 2009 přinesl naplnění jedné ze snah o zvýšení prestiže tohoto významného místa. Papež Benedikt XVI. vyhověl žádosti farnosti a 5. ledna udělil farnímu kostelu Nanebevzetí Panny Marie a sv. Mikuláše titul „bazilka minor“.