Kostel sv. Maří Magdalény stojí v bývalé židovské čtvrti. Přední část kostela se pravděpodobně překrývá s místem, kde stávala ještě v 1. polovině 15. století synagoga. Židé byli nařízením krále vykázáni z města, opuštěná synagoga byla kolem roku 1454 přeměněna na kostelík sv. Maří Magdalény.

Během obléhání Brna Švédy dostali kostelík sv. Maří Magdalény i s přilehlými čtyřmi domy františkáni jako náhradu za svůj klášter před hradbami, který museli opustit. Zbudovali nový kostel a vedle něj vystavěli také klášter s nemocnicí a lékárnou. Kostel projek­toval Ondřej Erna a vysvětil 16. 4. 1673 olomoucký biskup Karel II., hrabě z Lichtensteinu-Castelcorna. V roce 1656 žilo v klášteře 55 františkánů (bernardinů), kteří zde měli také řádové učiliště.

Nařízením císaře Josefa II. byl roku 1787 klášter zru­šen. Kostel se stal farním (byl jím až do 20. 1. 1914, kdy byla farní správa přenesena k novému kostelu Neposkvrněného Početí Panny Marie na Křenové ulici) a z kláštera se stal sklad pro vojsko. V roce 1852 kostel vyhořel a následně byl přestaven do dnešní podoby.