Podle údajů z vyhořelé šenovské fary byl dřevěný kostel v Řepišti postaven v roce 1485 a byl tehdy kostelem farním pro obec Řepiště. O jeho původním zasvěcení nevíme nic. Nejstarší písemná zmínka o řepišťském kostelu pochází z roku 1652, kdy se nacházel v rukou evangelíků. Dva roky nato, roku 1654, jim byl odebrán a přifařen pod šenovskou faru.

Roku 1785 byl řepišťský kostel od šenovské fary oddělen a přiřazen byl pod faru vratimovskou. V té době se začal stav kostela prudce zhoršovat. Podle vizitačního protokolu z roku 1808 dnes již neexistující značně vysoká věž hrozila zřícením, srub kostelní lodi zavalením podobně jako prohnilý strop, do nějž zatékalo.

Je až s podivem, že kostel vydržel až do generální opravy téměř o šedesát let později (1867-1891). Po této opravě zcela změnil svůj vzhled a není známo, zda se zachovala nějaká fotografie, kresba či malba, která by nám přiblížila původní gotický vzhled kostela. Z údajů o opravě se dovídáme, že byla stržena mohutná hranolová věž, která pouze volně navazovala na chrámovou loď, podobně jak je tomu u kostela v Gutech. Rozebrán a neobnoven byl také ochoz okolo kostela, zvaný sobota, chránící základy před povětrnostními vlivy. Původní stanová střecha s ostrým sklonem byla nahrazena prostou sedlovou do jejíhož štítu byla vsazena nízká hranolová věž. Kostel získal, jak zevnitř, tak zvenčí, velice prostý vzhled.

Poslední oprava proběhla v letech 2019–2020. Během rekonstrukce proběhl dendrologický průzkum použitého stavebního materiálu a byly objeveny nejstarší trámy z roku 1424. Kostel se tak řadí mezi nejstarší dřevěné sakrální památky na území České republiky (oficiálně je ale jako nejstarší nadále uznáván kostel Panny Marie v Broumově, který se dochoval celistvý).