Kostel svaté Markéty se nachází v centru obce Zhoř. Je to farní kostel římskokatolické farnosti Zhoř u Jihlavy. Jde o jednolodní pozdně barokní stavbu s obdélnými přístavky po stranách kněžiště, na západní straně kostela stojí hranolová věž.

Na místě nynějšího kostela byl již kolem roku 1400 postaven původní románský kostel, již tehdy byl kostel zasvěcen svaté Markétě a stál vprostřed sídla svobodných vladyků. Kostel tehdy neměl věž, pouze bokem stála malá dřevěná zvonice s průchozí bránou na hřbitov, již tehdy na zvonici byly zavěšeny zvony, které zůstaly ve farnosti a nyní jsou používány a památkově chráněny v současném kostele. Původní kostel byl postupně přestavován a integrován do současného kostela.

Od roku 1552 již farnost nebyla obsazována, protože Zhoř získali pánové z Chroustova, kteří byli evangelického vyznání, až po bitvě na Bílé hoře se opět vrátil kostel katolíkům V roce 1765 byl kostel ve Zhoři přestavěn do současné podoby.[2] Postupně byl kostel opravován a rekonstruován. V roce 1968 byla opravena fasáda, v roce 1975 byla opravena podlaha sakristie, v roce 1983 pak také podlaha v presbytáři.[3] Kostel byl také generálně rekonstruován v roce 1998, mimo jiné byly kompletně vyměněny krovy věže a byla do jejích útrob instalována schránka se zprávami pro další generace.

Zvony v kostele byly umístěny již kolem 14. století, další zvony byly pořízeny v letech 1802 (umíráček, zasvěcený svatému Floriánovi) , 1848 (zasvěcen svatému Leopoldovi) a 1888. Během první světové války byly tři novější zvony rekvírovány a nahrazeny byly novými až v roce 1927. Stejně tak byly zvony rekvírovány v počátku druhé světové války, nicméně dva nejstarší zvony nebyly na přímluvu a žádost tehdejšího faráře zrekvírovány a mohly tak zůstat v kostele.