Powstanie kościoła pw. Najświętszego Serca Jezusowego jest od swego początku związane z zakonem jezuitów. Towarzystwo Jezusowe działało w Cieszynie już na początku i w przeciągu XVII wieku. Główną świątynią tego zakonu był wówczas kościół Krzyża Świętego przy rynku w obecnej polskiej części tego miasta.

Po kasacie zakonu w 1773 r. jezuici opuścili Cieszyn. Po wznowieniu działalności Towarzystwa Jezusowego w 1814 r. czynili starania o powrót, lecz rada miejska odmówiła oddania im pierwotnej siedziby, kościoła i liceum, które wybudowali w czasach swego poprzedniego pobytu. Dlatego podjęto decyzję o zbudowaniu nowego kościoła na lewym brzegu Olzy w ówczesnych Alejach arcyksięcia Albrechta (obecnie Sady Masaryka). W 1890 r. jezuici nabyli w tym miejscu dwa budynki z ogrodem i rozpoczęli budowę. Nową rezydencję otwarli już 7 września 1894 r.

Kamień węgielny kościoła został wmurowany 11 czerwca 1892 r. Kościół zbudowano według projektu architekta wiedeńskiego Ludwiga Zatzke w stylu neogotyckim. Wyposażenie wnętrza wykonała firma rzeźbiarska Stufflesser z St. Ulrich z Tyrolu. Uroczysta konsekracja odbyła się 10 października 1894 r. Głównym celebrantem był wtedy arcybiskup wrocławski Georg Kopp, który wraz z arcyksięciem Albrechtem przyczynił się do sfinansowania budowy.

Jednym z pierwszych wydarzeń po powrocie Towarzystwa Jezusowego była beatyfikacja miejscowego rodaka Melchiora Grodeckiego. Melchior Grodecki urodził się w 1584 r. 22 maja 1603 r. wstąpił w Brnie do nowicjatu Towarzystwa Jezusowego, święcenia kapłańskie przyjął w 1614 roku. Po czteroletnim pobycie w Pradze odszedł razem z dwoma współbraćmi do Koszyc, gdzie 7 września 1619 r. wszyscy trzej ponieśli śmierć męczeńską. Koszyckich męczenników wyniósł na ołtarze papież Pius X 15 października 1905 r. W Cieszynie poprzedziło to zdarzenie wspaniałe, trzydniowe uroczystości zorganizowane przez społeczność jezuitów. W mszach, które celebrowano przez trzy dni na placu przed kościołem Najświętszego Serca Jezusowego, wzięło udział około 100 księży i około 10 000 wiernych. Podczas triduum wygłoszono 22 kazań w językach niemieckim, polskim, czeskim i słowackim. Wystawiono szczątki beatyfikowanego Melchiora, otrzymane w darze od jezuitów z kościoła Trójcy Najświętszej w Trnawie, gdzie złożone są ciała wszystkich koszyckich męczenników. W ostatnim dniu uroczystości szczątki przy dużym udziale ludności zostały przeniesione odświętną procesją przez rzekę Olzę do kościoła parafialnego pw. św. Marii Małgorzaty, gdzie ku czci bł. Melchiora została poświęcona boczna kaplica. Po odśpiewaniu Te Deum procesja wyruszyła z powrotem ze szczątkami do kościoła jezuickiego, gdzie zakończyła się uroczystym błogosławieństwem i odśpiewaniem Te Deum. To wydarzenie stało się później podstawą tradycji procesji cieszyńskich ku czci św. Melchiora. Po raz pierwszy w obecnych czasach procesja odbyła się 7 września 1996 r., po kanonizacji koszyckich męczenników, która miała miejsce 2 lipca 1995 r.

Koniec pierwszej wojny światowej przyniósł zmianę układu politycznego w Europie Środkowej. Nowo powstałe państwa Czechosłowacja i Polska za obopólną zgodą, którą poprzedziła wojna siedmiodniowa i szereg zamieszek na urozmaiconym pod względem narodowościowym obszarze byłego księstwa cieszyńskiego, ustaliły granicę państw na rzece Olzie. Jednocześnie na jej lewym brzegu powstało miasto Czeski Cieszyn, którego znaczniejszy rozwój nastąpił dopiero po 1920 roku. W nowym czechosłowackim mieście znajdowały się wówczas dwa kościoły katolickie - pw. Najświętszego Serca Jezusowego i pw. św. Jadwigi w dzielnicy o nazwie Sibica. Przy kościele pw. Najświętszego Serca Jezusowego księża pełnili stałą posługę kapłańską, co sprawiło, że został on wybrany na kościół parafialny dla miejscowych wiernych.

Pierwszym przełożonym z czechosłowackiej wizytatorii był o. Josef Koska, następnie o. František Vídeňský, o. Jan Svoboda i o. Tomáš Vítek. 31 lipca 1938 r. jezuici ze względu na niedobór personalny oddali kościół i plebanię na okres pięciu lat komisariatowi wrocławskiemu, pozostawiając sobie tylko jeden budynek. Po zajęciu regionu cieszyńskiego przez polskie wojsko (2 października tegoż roku) opiekę duchową nad parafią objęli polscy jezuici pod przewodnictwem o. Franciszka Kałuży, który 8 grudnia 1938 r. został mianowany proboszczem. Niespełna rok później Cieszyn zajęły wojska niemieckie i 3 listopada 1939 r. uwięziono wszystkich polskich jezuitów. Poza przełożonym wszyscy zostali po kilku dniach jednak zwolnieni i wydaleni z Cieszyna. O. Franciszek Kałuża zmarł 19 stycznia 1941 r. w obozie koncentracyjnym v Dachau z reputacją świętego. Aktualnie toczy się proces jego beatyfikacji.

Następnie sztafetę posługi kapłańskiej przejęli jezuici niemieccy, którzy w czasie wojny działali przy kościele Najświętszego Serca Jezusowego wspólnie z księżmi parafialnymi. Przełożonym był aż do swojej śmierci 2 kwietnia 1943 r. O. Ludvík Roelle, który tutejszą posługę kapłańską wykonywał z poświęceniem i nieprzerwanie od 1921 r. Był on członkiem niemieckiej prowincji jezuickiej i został pochowany na cmentarzu w Czeskim Cieszynie.

Tuż po wojnie 1 sierpnia 1945 r. w czasach przełożonego o. Aloisa Galatíka czeska prowincja przekazała kościół i budynek plebanii urzędowi parafialnemu, którego kierowaniem powierzono o. Františka Jedličkę. Jezuici zostawili sobie jednak jeden budynek rezydencji, który stoi na przeciwległej stronie placu przed kościołem. Byli tutaj aż do 1950 r., kiedy to władze komunistyczne stłumiły przemocą życie zakonne w Czechosłowacji i jezuici byli zmuszeni do ponownego opuszczenia miasta.

Administrację parafii utrudniał fakt, że Cieszyńskie przynależało do diecezji wrocławskiej. W Polsce powstała w 1925 r. diecezja katowicka, jednak w Czechosłowacji sytuacja ta na skutek zdarzeń z XX w. znalazła rozwiązanie dopiero po założeniu diecezji ostrawsko-opawskiej w 1996 r.

W okresie po 1945 r. zarząd kościelny nad oddzielonym obszarem wykonywała tzw. administratura apostolska z siedzibą w Czeskim Cieszynie. Pierwszym administratorem apostolskim papież Pius XII mianował 26 czerwca 1947 r. ThDr. Františka Onderka, którego w 1962 r. zastąpił o. Antonín Veselý. 30 grudnia 1977 r. papież Paweł VI rozwiązał administraturę apostolską i podległe jej terytorium dołączył do diecezji ołomunieckiej.

Od 1968 do 1992 r. w parafii działały siostry M. Elekta i M. Leona - elżbietanki z Jabłonkowa. Po swoim przyjściu 14 września 1992 r. do ich działalności nawiązała Wspólnota Sióstr Jezusowych (czes. Společnost sester Ježíšových), które pomagają przy duszpasterstwie w parafii i pracują w tutejszym Caritasie.

Po zmianach politycznych w listopadzie 1989 r. arcybiskup ołomuniecki Mons. František Vaňák zaprosił z powrotem Towarzystwo Jezusowe do Czeskiego Cieszyna. 15 lutego 1990 r. prowincjał o. Jan Pavlík mianował pierwszym przełożonym społeczności o. Rudolfa Zubka.

Na początku lat 90. prowincjał Josef Čupr postanowił wybudować pierwszy dom rekolekcyjny Towarzystwa Jezusowego na terytorium Republiki Czeskiej. Poświęcenia domu rekolekcyjnego i kaplicy pw. św. Melchiora Grodeckiego dokonał nuncjusz apostolski w Republice Czeskiej Mons. Giovanni Coppa 30 października 1994 r. Konsekracja ta była połączona z obchodami 100. rocznicy konsekracji kościoła Najświętszego Serca Jezusowego i udział w niej wziął także arcybiskup ołomuniecki Mons. Jan Graubner. Wśród innych gości na uroczystości obecni byli także Mons. Tadeusz Rakoczy, biskup diecezji bielsko-żywieckiej, do której należy Cieszyn, i ówczesny praski biskup pomocniczy Mons. František Lobkowicz, który w parafii czeskocieszyńskiej pełnił służbę kapłańską w latach 1980-1984, a w dwa lata później został biskupem diecezji ostrawsko-opawskiej.

Z uwagi na dwujęzyczność parafian czeski prowincjał zwrócił się z prośbą do prowincjała sąsiedniej prowincji krakowskiej o wysłanie kapłana do Czeskiego Cieszyna. Od 1 listopada 1990 do 31 lipca 2015 r, kiedy to parafię przejęli księża diecezjalni w czele z księdzem Mons. Janem Svobodą, w Czeskim Cieszynie żyła i pracowała polsko-czeska społeczność jezuitów.